Đặc Vụ Đêm phần 2 kể về Peter Sutherland bước vào một hành trình mới khi nhiệm vụ tưởng như đơn giản tại Bangkok bất ngờ biến thành biến cố khiến anh mất đi đồng đội thân cận và bị đẩy vào tình thế phải che giấu tung tích trong lúc tìm manh mối về kẻ đứng sau. Anh trở lại New York và hội ngộ Rose Larkin, người đang nỗ lực truy tìm dấu vết của anh bằng công nghệ nhận diện hiện đại, từ đó cả hai bị cuốn vào một âm mưu liên quan đến tình báo quốc tế cùng một dự án vũ khí bí mật khiến mọi bước đi của họ đều đầy hiểm nguy.
